El CNCR se creó el 1° de octubre de 1982, como consecuencia de un estudio realizado por el gobierno de Chile a través de la DIBAM y con el apoyo del PNUD/UNESCO. Este estudio dejó en evidencia el escaso desarrollo que, en ese entonces, el país presentaba en materias de conservación y restauración patrimonial.

Un espacio en el Museo Nacional de Bellas Artes fue la primera sede con que contó un pequeño grupo de profesionales convocados por Guillermo Joiko, su primer director, para comenzar con la tarea de instalar a lo largo de todo el país los principios básicos de la conservación y restauración del patrimonio cultural. Actualmente sus instalaciones y laboratorios especializados están instalados en uno de los patios del Claustro de la Recoleta Dominica en la comuna de Recoleta.

En un comienzo, lo central fue posicionar la disciplina en los museos, bibliotecas y archivos del país, para lo cual fue necesario llevar a cabo un proceso de capacitación del personal a cargo de las colecciones patrimoniales. Paralelamente, en conjunto con la Escuela de Arte de la Pontificia Universidad Católica, se creó un programa de formación de restauradores, iniciando así el proceso de profesionalización de la disciplina.

Asimismo, durante la década del 90' se fortalecieron líneas de trabajo, tales como, la conservación preventiva, el manejo de colecciones y los procesos de investigación. Hacia el siglo XXI, sus discusiones y prácticas sobre lo patrimonial han experimentado un giro hacia los sujetos sociales.

Estos procesos surgen vinculados a la conformación y consolidación de sus áreas de trabajo: Arqueología, Monumentos, Papel y Libros, Pintura, Documentación Visual e Imagenología, Análisis y Geoinformación del Patrimonio.

Actualmente continúa trabajando en la conformación de un equipo profesional acorde a las necesidades y diversidad de nuestro patrimonio; en la vinculación con instituciones y organizaciones a nivel nacional e internacional; en la generación e innovación de espacios de formación y difusión en materias de conservación y restauración; y en el posicionamiento a nivel latinoamericano, como un centro de excelencia en intervención, investigación e información sobre el patrimonio cultural y su conservación.